台灣哲學學會創於 1996 年，強調本土、多元、國際化之精神。是解嚴民主化後第一個成立的民間哲學團體，草創之初深具改革色彩。也是繼中華民國哲學學會（1950 年創立）、中國哲學學會（1965 年在台復會）後，第三個成立的哲學學會。

1992 年 10 月，清大歷史所教授傅大為、中研院歐美所研究員洪裕宏、中研院社科所研究員錢永祥等人創辦英文 “Taiwanese Journal for Philosophy and History of Science” 期刊，始萌發成立學會之構想。發起人何志靑、洪裕宏、錢永祥等人開始尋覓在學界活耀且能接受用「台灣」為會名者。同時廣邀不同領域學者入會，如中研院數學所李國偉、台大社會系葉啓政、政大社會學系顧忠華、台大中文系夏長樸、陳昭瑛、靜宜中文系趙天儀、李日章、清大中文系楊儒賓、輔大宗教系釋昭慧、台大法律系顏厥安等皆為創會會員。1995 年 6 月台大校務會議通過並出版《臺大哲學系事件調查報告》為受難者平反。受到鼓舞，同年底郭博文、洪裕宏、何志青、方萬全等學者積極籌劃，決定在中研院舉辦成立大會與記者會。

1996 年 1 月 7 日，台灣哲學學會假中研院歐美所舉辦成立大會，由全體會員通過組織章程，選出台大哲學系教授林正弘為首任會長。首屆八位執委包括台大哲學系黃懿梅、清大哲研所郭博文、東吳哲學莊文瑞、元智工學院葉新雲、中研院社科所錢永祥、中正哲研所洪裕宏、中研院歐美所方萬全和何志靑。三位監事則為政大哲學蔡美麗、東吳哲學孫大川、清大歷史傅大為等。會員大會也通過決議，將行文教育部建議高中增設哲學課程。記者會上，林正弘闡明創會宗旨是結合「民間力量，致力於對台灣哲學之學術探討，也將致力於推動台灣哲學多元的研究與教育，並且促進與國際哲學界的學術交流。」執委洪裕宏則期許改善臺大哲學系事件以來的嚴重影響。惟當時政府仍規定全國性社會團體應以「中國」、「中華」或「中華民國」為名，不准任何以「台灣」為名之社團。因此，台灣哲學學會成立三年多雖然活躍，並未獲得中華民國政府承認。

1999 年 4 月初，在各界努力下法令鬆綁（釋字第479號）。台灣哲學學會始正式向內政部合法登記，並重新改組。同年 12 月 19 日，台灣哲學學會召開改組後的第一次會員大會，通過新版組織章程，揭櫫「推動台灣之哲學專業研究、教育與發展」、「促進會員間之聯繫與交流」、「促進台灣哲學界與國際哲學界之交流」等服務宗旨，並開始招收外國籍會員，強化國際交流、定期舉辦學術活動。除了蔣年豐博士論文獎，在南海文教基金會何既明先生贊助下也開辦南海碩士論文獎，培育青年人才。自 2000 年起，台灣哲學學會於每年底舉辦年會。至今已逾廿載，乃國內哲學界年度盛事。2007 年起開辦「批判與反思」哲學研讀會，至 2021 年底已逾七十餘場。目前，本會已是國內哲學界最重要的民間組織，不少理監事擔任國際學會要職，外國籍學者擔任理監事比例亦創下新高。未來台灣哲學學會將秉持創會初衷，持續服務與深耕哲學的研究、教學與公共實踐等面向。同時結合國內外團體，為推廣台灣的多元思辨與國際交流努力。